1.根据建设规模可分为大型（5000m以上）、中型（1000~5000m）、小型（100~1000m）、微型（100m以下）四种；
2.根据生产功能可分为植物种苗工厂、叶菜、瓜果、花卉植物工厂，还有一部分大田作物、药用植物、食用菌等；
3.从生产、研究对象的组织尺度上来说，植物工厂又可分为植物体生产型植物工厂、组培型植物工厂、细胞生产型植物工厂（光生物反应器）
4.根据光能的利用方式可分为三种类型，即太阳光利用型植物工厂、全人工光利用型植物工厂、太阳光和人工光并用的综合型植物工厂。其中，全人工光利用型植物工厂又称为密闭式植物工厂，它是植物工厂发展的高级阶段。